应用范围:
能够导入和处理生物信息学主要领域的实验数据,将各种实验图谱、数据、基因组和表型信息整合在一起,提供强大的数据查询、分析、比较、挖掘、可视化和报告功能,形成多用户关系数据库存储环境,特别是整合分析各种品牌测序仪、微生物质谱(MALDI-TOF-MS)数据的分析;
主要功能:
可视化分析、存储基因组和表型数据;建立本地及联网共享数据库;可完成本地化wgSNP和wgMLST;可进行wgMLST分析,菌库包含:鲍曼不动杆菌、蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、洋葱伯克霍尔德菌复合体、布鲁氏菌属、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、柠檬酸杆菌、艰难梭菌纲、克罗诺杆菌属阴沟肠杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、棉子糖肠球菌、大肠杆菌/志贺氏菌、土拉弗朗西氏菌、产气克雷伯菌、催产克雷伯菌、肺炎克雷伯菌三方乳杆菌、嗜肺*团菌、明串珠菌属、单核细胞增生李斯特菌、微球菌、牛分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、麻风分枝杆、结核分枝杆菌、淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、多杀性巴氏杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌、肠沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、金*色葡萄球菌、表皮葡萄球菌假中间葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、无乳链球菌、轻度/口腔链球菌、化脓性链球菌、魏氏菌属共42种。
可作分析:
1.指纹数据分析:导入及标准化处理多种电泳凝胶图谱和毛细管电泳图谱;
2.Meta数据:存储实验信息,标本信息及患者信息;
3.特征数据:可以导入并预处理多种特征类型数据,如表型实验、药敏实验和微阵列等生成的数据;
4.趋势数据:导入连续的X-Y型曲线数据,如生长曲线,酶动力学曲线和实时定量PCR曲线;
5.聚类分析:构建具有可靠性和显著性分析的系统法语树和最小生成树;
6.鉴定:用强大的分类算法对未知微生物进行分类和鉴定;
7.全基因组比对:比对并自动注释全基因组,并结合全基因组MLST和全基因组SNP分析结果;
8.统计分析:通过排序,分群和组验证等分析手段,对数据进行深入挖掘,可生成多种形式图表,通过统计检验验证假设。
9.序列:测序数据的批量拼接,NGS数据本地或者云端前处理与组装;
10.峰谱数据:导入和前处理质谱、气相色谱、高效液相色谱等。