导语：本研究就mNGS诊断对于脑膜炎、脑炎、脊髓炎的效能与传统诊断方式进行对比，可拓展至重症肺炎领域，早期明确病原学结果，进一步完善相关研究并指导诊疗。
背景
感染性脑炎和脑膜炎，具有高发病率及病死率
现有诊断方法：病史、临床表现、影像学及实验室检查
感染及非感染性疾病临床表现相似
○缺乏对罕见病原学的诊断方法
○侵袭性操作限制
○CNS样本有限可用性及容量。
50%急性脑膜炎未被及时诊断
二代测序或者高通量测序（Next-GenerationSequencing，NGS）
○是一种能直接从临床标本提取核酸并检测病原体的高通量测序技术
突破不同病原体类型的局限性
同时鉴定细菌、真菌、病*和寄生虫等多种类型病原微生物
○甚至已经死亡的病原体
但既往只有病例报道，是否可大量用于临床诊断尚待探讨
方法——研究设计
1年，8家中心，前瞻性研究
Patient：
任何年龄的病人在两周内发生病因不明的脑炎、脑膜炎、脊髓炎，且初诊登记时缺乏诊断
Interventions：
检测脑脊液病原的mNGS
报告患者mNGS电子结果
根据已有临床情况，分析mNGS结果
并每周咨询临床微生物测序平台专家
Comparison：
通过与传统检测方法（定义为脑脊液的培养、PCR或抗原检测，不包括血清学检测或脑脊液以外的样本检测）比较，来评估mNGS诊断中枢神经系统感染的临床有效性。
方法——研究目的
首要：
临床NGS检测的评估（敏感性、特异性、阳性预测价值、阴性预测价值）
应用NGS检测可发现感染的诊断比例
次要：
临床影响NGS检测阳性或阴性的原因
NGS阳性对于临床治疗和结果的影响
NGS的补充分析对于临床医生的作用
建立分析及解释NGS结果的临床微生物测序平台的可行性
次要研究目的
实验室应用mNGS检测血培养阳性标本
标本来自于9-15家ICU，怀疑脓*症患者，于抽取血培养同时刻留取4–10mL标本。
冷链运输至实验室，1周之内将结果反馈给临床
可作成队列研究，于发病不同时刻留取血标本，协助临床医生明确诊断
入组标准
具体流程
结果
入排标准
主要标准（必选）：
患者就诊时出现无明确病因导致的超过24小时的精神状态改变（意识水平降低或改变，或者人格改变），且/或全身性或部分性癫痫（但并非完全归因于先前的癫痫症或单纯的发烧性癫痫）。
次要标准（≥2条）：
症状出现前或出现后72小时内发热≥38℃
新发局灶性神经系统发作
脑脊液白细胞计数≥5/立方毫米
影像学上脑实质异常，提示脑炎
脑电图异常与脑炎症状一致，且不能明确此症状病因
判断mNGS阳性
对于细胞外细菌、真菌（隐球菌除外）和寄生虫，如果检测到的特异性序列数SSRN≥30（RPM≥1.50），在阴性对照中未出现且该读数在细菌、真菌或寄生虫中排名前10位，或者在阴性对照中出现，检出序列数是阴性对照的10倍且在过去一个月内未多次出现（多次判断标准＞25%），则样本结果为阳性；
对于胞内细菌（不包括结核分枝杆菌和布鲁氏杆菌）和隐球菌，如果检测到的SSRN≥10（RPM≥0.50），在阴性对照中未出现且该读数在细菌、真菌中排名前10位，或者在阴性对照中出现，检出序列数是阴性对照的10倍且在过去一个月内未多次出现（多次判断标准为＞25%）则样本结果为阳性；
对于病*、布鲁氏杆菌和结核分枝杆菌，如果检测到的SSRN≥3（RPM≥0.15），则认为结果为阳性
结果
结果判读
假阳性—污染可能
污染可分为两组：
通常与背景污染相关的微生物，不符合阳性结果的标准
满足mNGS阳性标准的假阳性结果，但与患者的临床表现和特征不一致。
污染主要来源：
实验室操作（细小病*NIHCQV是硅柱状核酸提取试剂盒中的一种污染物）
试剂（缓生根瘤菌、伯克霍尔德菌和拉尔斯顿菌是工业超纯水系统中常用的污染物）
环境（大肠杆菌、铜绿假单胞菌、屎肠医院环境中广泛存在的病原体）
皮肤或其他身体菌群（痤疮丙酸杆菌、大肠杆菌和表皮葡萄球菌与人类皮肤菌群相关）
假阴性
16例（5.8%）患者出现假阴性
结果显示与细菌、病*和真菌感染有关。
假阴性细菌感染病例均在测序前给予抗生素治疗。
在病*感染的假阴性病例中，SSRN数量为1或2个，不满足阳性标准
作为筛选方法，mNGS检测到的病原体可为诊断提供临床线索，即使不符合阳性结果标准。
脑脊液mngs一线检测推荐
患者病情危重并需要及时和精确的治疗
临床表现非特异性，并且联合其他传统检测用于识别致病原
需要排除广泛的潜在病原体以诊断疑似自身免疫性脑炎
怀疑罕见或新型病原体且无法通过传统检测方法查出致病原
局限
首先，医院都没有现有的检测仪器，而且此类检测成本通常远高于其他传统检测方法
其次，检测出某种病原体的DNA并不一定证明它就是患者的实际致病原
最后，mNGS无法检测出数据库中未包含的微生物
mNGS发展方向
耐药基因
病*分析
动态分析
进化分析实现精准鉴定
评论
本研究就mNGS诊断对于脑膜炎、脑炎、脊髓炎的效能与传统诊断方式进行对比
可拓展至重症肺炎领域，早期明确病原学结果，进一步指导治疗
存在标本留取标准、送检标准、解读标准等无明确指导意见
可进一步完善相关研究
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