年11月离清帝退位还有不到2年时间，清*府高层做梦也没想到，会给他们一个历史性的考验。东北地区爆发恐怖的大鼠疫。鼠疫的恐怖从欧洲可以了解一二。从至年，欧洲被称之为“黑死病”的鼠疫大瘟疫，夺走了万欧洲人的性命，占当时欧洲总人口的1/3。可以想象，如果当时没有控制住，对国内的危害有多大。
由于经历了日俄战争，当时的东北是清，沙俄，日本三国势力互相角逐的地方。面对这样一场鼠疫灾难，防疫就不单纯是防疫的问题，还牵扯了*治因素。三股势力都想借这个机会在这个地方获得更多的权利。
为防止帝国主义以此为借口而入境滋事，主*东北的总督锡良坚持拒绝他们插手，而是自己部署力量全力投入到灭鼠疫的活动中，锡良直接负责奉天的检疫、防疫。
其实最先发生鼠疫的地方在俄罗斯境内。早在年春夏时，俄国西伯利亚地区就出现了疫情，随后黑龙江下游的一个边境小城也发现有人感染鼠疫。由于俄国远东地区人口少、居住分散以及疫情控制系统较严密，才没有大规模爆发。
而当时在俄国远东的中国人就没那么幸运了。俄国人把大量的中国疑似患者驱逐出境，直接导致东北鼠疫的爆发。年10月25日，东北第一个死亡病例就是那个刚被驱逐的中国人。有几个中国人因被怀疑为疑似病例，10月19号被俄国人驱逐到满洲里，25号就在住的旅馆里死亡，这些闯关东的人们住的旅馆，几十个人睡在大通铺上。如此密闭拥挤的环境，加速了鼠疫的传播，不久“同院居住的房东、客人等亦染疫身亡。”
不仅如此，满洲里地区的俄国官员同样实行对中国人进行驱逐的*策。俄国人指派士兵“逐华人，焚其市”同时还将这些难民用火车押送到别的地方。可以说沙俄的处理方式是最不负责任的。正是因为这种简单粗暴又缺乏防护措施的驱逐*策进一步导致鼠疫传播范围扩大至东北全省。
面对鼠疫爆发，日本多次要求任命日本医生为防疫总负责，均被总督锡良谢绝了，而是聘请与之私交甚好的英国传教士医生司徒阁作为总顾问，全权负责整个城市的检疫、防疫事务。当然日本也派出了北里柴三郎的学生，他为了找鼠疫杆菌，解剖了近只老鼠，最后也没找到鼠疫杆菌。
清*府这边在年12月25日由清*府指派的天津北洋陆*医学院副监督伍连德到达哈尔滨，27日，在傅家甸贫民窟里，伍连德进行了中国医生的第一例人体解剖。（由于当时死者为大的传统观念没有人同意人体解剖，无奈伍连德解剖的死者为日本女性感染者）另外当时解剖尸体无疑是对死者的大不敬，不但面临着社会风俗的压力，从法律层面来讲，也是不被允许的。所以哪怕是日本女性伍连德也只能秘密进行。
当时也没有实验室，伍连德和助手就在当地总商会借了一个房间（日本实验室），做血液化验。等病人的器官被福尔马林固定好后，伍连德马上进行切片，然后在显微镜下观察，很快从器官切片中辨认出鼠疫杆菌。
12月30日，细菌培养基上出现鼠疫杆菌，证明病人血液中存在活的鼠疫杆菌。这是伍连德到哈尔滨的第六天。
然而年1月2日北洋医学堂首席教授法国人梅斯尼到了哈尔滨之后，经过考查，他认为应当在该地区大力灭鼠。梅斯尼对伍连德医生说，毫无疑问，这场瘟疫是由老鼠引发的，我是鼠疫专家，你必须听我的。伍连德医生依据自己的试验，向梅氏阐述了自己的观点，他说，哈尔滨的冬天异常寒冷，不可能有大量老鼠出来活动，按说，疫情应当越来越少，但事实正相反，不仅没有减少，而且越来越严重。现在，每天死亡的人数已经高达数十人，这说明，这场瘟疫一定是另有传播渠道。我认为必须把病人与健康人进行隔离，这才是最有效的防疫方式。但是，伍连德医生的说法与提供的试验数据，并没有说服梅斯尼医生。
1月5日，梅斯尼因未医院检查病人，先后诊断了4名传染者，被感染。3天后，在俄国大饭店，梅尼斯头痛、发烧、彻夜不眠。后将他转到了俄国人病房，在检查中发现了鼠疫杆菌。有为他注入了两支血清，但毫无效果。11日，经抢救无效死亡。这位多次领导天津进行防疫工作的斗士，最终被鼠疫夺去了生命，时年45岁。
由于梅斯尼的去世，伍连德正式出任防疫总医官。
于是伍连德向朝廷发电报汇报和提议：
1.鼠疫已经在傅家甸流行
2.鼠疫主要在人与人之间传播，鼠到人的传播可以排除，因此应该集中控制人群中的相互传播。
3.与俄国*府合作，对俄方管辖的西伯利亚到哈尔滨的铁路加以严格控制。
4.在路口与冰河通道处加强巡逻予以监控。
5.在医院以便留置病人，并建立隔离区隔离病人家属。
6.派遣大批医护人员来哈尔滨。
7.道台衙门提供足够的资金。
8.严密观察中方管辖的北京到奉天的铁路，一旦出现鼠疫，马上严格管控，医院和隔离区。
9.和日本合作，监控日方管辖的大连到奉天的南满铁路。
朝廷面对的这样的汇报，经过高层讨论，最终由载沣拍板：要钱给钱，要人给人，要官给官。也就是说，当时伍连德全权负责防疫工作。
基于种种事例，伍连德大胆提出，在傅家甸流行的鼠疫无需通过动物媒介，而可以通过呼吸之间的飞沫传染，他将此命名为“肺鼠疫”。
为了防止飞沫传染，伍连德设计了一种极其简单的双层纱布囊口罩，即用两层纱布，内置一块吸水药棉，戴上它就可以隔离病患，成本费仅需当时国币2分半钱。后来，在沈阳召开的万国鼠疫研究会上，各国一致赞成采用这种口罩。至今，医务人员仍在使用这种口罩，并称之“伍氏口罩”
年的1月，是疫情最危急的时候。在伍连德的指挥下，傅家甸被分为4个区。每区由一名医药大员主持，配有两名助理、4个医学生和为数众多的卫生夫役与警察。救急队内分诊断、消*、抬埋、站岗等诸多岗位。每天，各区派出40多支搜查队，挨家挨户检查疫情。一旦发现有人感染鼠疫，医院，他们的房子用生硫磺和石炭酸消*。
为了成功地执行分区防疫计划，从长春专门调来了由名士兵组成的步兵团。他们被安置在城外俄国一家空旷的面粉厂里，任务是对疫区内进行交通管制。*府规定，傅家甸内居民出行必须在左臂佩戴证章，根据各区不同证章分为白、红、*、蓝4种。每个区的居民在左臂上佩戴不同的证章，可以在本区内活动，但要去别的区域，必须申请特别准许证。就连区内的*人们也必须严格遵循这一规章，不许随便走动。严格的警力，使得“任何人偷越封锁线几乎都是不可能的”。
正在城市外围担任封锁任务的名警察被撤换，在接受防疫培训后，被分配到防疫局医生直接控制的4个分区和防疫站。按照收治病人的病情，诊病院分为疫症院、轻病院、疑似病院和防疫施医处几种。各病院中均设有医官、庶务、司药生、看护、巡长等职务。既为不同病情的病人提供了治疗，又避免他们之间交叉感染。‘疑似病房’的提法是伍连德首创的，直到现在我们还在使用。
伍连德向中东铁路公司借了节火车车厢，用做隔离营。新年后，粮台一带(今道外八区体育场)铁路线上停靠了60节“瓦罐车”，用做临时隔离营，收容鼠疫患者家属和接触者，以及出现咳嗽等症状的疑似者。医生每日诊察，如果连续7天体温正常，即解除隔离。
鼠疫发生之初，*府为死者提供棺材安葬他们；在街上发现的尸体也由*府出面收集，放在棺木运到坟场。到了后期，当死亡人数越来越多时，尸体也便被直接放在坟场。随着天气渐冷，土地被冻得坚硬，不要说深挖洞，就是想挖一个浅坑，都非常困难。所以这些尸体也都被随意弃之于坟场地面上，已经至少6周有余。“伍连德凭借直觉，感觉鼠病菌在地面下也是可以存活的，但是他当时并没有时间去做实验证明这一点。后来俄罗斯专家果然证明了这一点——在哈尔滨严冬的极低的温度下，肺鼠疫的病菌至少能存活3个月。”马学博说。
当务之急是必须尽快处理掉这些尸体，唯一的办法是集中火葬。可是伍连德也知道，这对当时的中国人来说将是一个多么巨大的挑战。即便是生长在海外的伍连德，也不敢贸然挑战中国人的伦理观念。他思来想去，最好的办法，唯有上书朝廷，请皇帝下一道圣旨才能平复民间的反对。不过，伍连德也知道，他首先要赢得当地官员和乡绅的支持。这一点也进展得异常顺利——他让那些人跟着他一道坐车去坟场看那可怖的场景，他们便一致同意。于是，当伍连德给清廷上书，请求颁布准许火葬的同时，哈尔滨的官商绅士们也联名向吉林总督(当时哈尔滨属吉林境内)陈情，希望批准火葬。
1月30日，他们终于收到外务部发来的电报批准。伍连德立即行动起来，当即雇用了名工人，把棺木和尸体以为单位，分成22堆。先是用炸药爆破，挖了一个20英尺见方、10英尺深、每次能够装具尸体的大坑。然后，按照每百个尸体10加仑的标准，用消防车在尸体上面浇上煤油。火点起来，尸体迅速猛烈地燃烧起来，2多具尸体就这样灰飞烟灭了。伍连德后来写道，目睹亲人遗体化为灰烬，两万名傅家甸市民面无表情，“呆呆出神”。对于伍连德如何以专业精神以及敬业之心，指挥这场鼠疫，《远东报》的一则评论也许能最充分地体现：“哈尔滨防疫局总医官伍连德自到哈以来，办理防疫事宜，不辞劳苦，闻日前，在东四家焚烧疫尸，防疫局委员等皆不欲往前监视，伍医官自赴该处点查尸数，亲视焚烧，俟焚化净始行回局。”
当时，俄国防疫部门的相关人士也在旁观看了具有历史性的焚尸过程。后来他们也效仿中方的做法，把辖区内染疫尸体，无论是新近死去的还是已经腐烂的，全部火葬。2月间，俄方共焚化了具尸体，其中2具尸体是从坟墓中掘出来的。
1月31日这一天是中国传统的大年初一，此时，傅家甸已经有1/4的人染鼠疫死亡。
适逢春节，防疫部下发传单，号召大家燃放爆竹。伍连德认为，从科学的角度来说，爆竹里的硫磺同样有消*的功效。大年初一这一天，傅家甸的死亡人数从名下降为名，“此后日渐消减”，而且再也没有回升过。
年3月1日午夜，当鼠疫死亡人数为零的报告传来时，坐落在哈尔滨傅家甸的防疫总部内一片沸腾。几日后，鉴于鼠疫死亡连续多日为零，防疫委员会宣布解除对傅家甸的隔离。
哈尔滨鼠疫之后，伍连德又转战长春、沈阳等地，经过努力，到4月底，东北三省各地的鼠疫被全部消灭。这是人类历史上第一次依靠科学手段，在人口密集的大城市成功控制传染病的行动。
年4月3日至4月28日在奉天（今沈阳）召开，有中、美、奥、法、德、英、意、日、墨、荷、俄11国34位专家学者参加，中国现代医学先驱、中国检疫事业创始人、“鼠疫斗士”伍连德任会议主席。该会议是在清*府应对年末到年初东北鼠疫过程中，认识到亟须向国外学习先进的防控经验的前提下召开的。会议确定了许多国际通行的防疫准则，为此后的国际防疫合作奠定了基础；也大大推动了中国近代公共卫生、防疫事业的发展；完成了长达页的《年国际鼠疫研究会会议报告书》，该《报告书》成为后世国际流行病学上的一部经典之作。
年7月9日英国《泰晤士报》驻北京的著名记者莫理循写给伍连德的信：“由于您在控制最近的鼠疫流行中的功绩，您的名字在欧洲特别是英国家喻户晓。”
梁启超曾撰文高度评价他：“科学输入垂五十年，国中能以学者资格与世界相见者，伍星联博士一人而已。”
这场罕见的大瘟疫夺走了6万人的生命，花费白银一千万两。其中，哈尔滨傅家甸有0多人死于鼠疫，占了傅家甸人口的四分之一。另外有名医务人员奋斗在一线。其中人因公殉职。